Το τμήμα ένταξης του 39ου δημοτικού σχολείου Περιστερίου λειτουργεί από το Σεπτέμβρη του 2000, προκειμένου να βοηθήσει τους μαθητές που αντιμετωπίζουν μαθησιακές δυσκολίες ή ειδικές ανάγκες εκπαίδευσης να ενταχθούν όσο το δυνατόν νωρίτερα στο πρόγραμμα και στις απαιτήσεις της τάξης τους.